後港國民學校創立於民國十七年三月二十月，稱為「七股公學校後港分教場」，當時係借用台潭村內民宅暫充臨時教室，同年六月十五曰新建教室乙間，地址在原台潭村市場附近，落成後遷入新教室上課。嗣後添建校舍，充實校具，雛規漸具，迄民國二十四年七月二十四日奉准獨立，校名改稱「後港公學校」。當時學區包括台潭、頂潭、港西、港東、城內、頂山、篤加、西寮等村，校址偏北，稍欠中心，因伺另覓新址之議。民國三十年四月一日於現校址建築新教室三間，開始遷移至現在校址「大潭村一號」上課。同年五月一日，校名改稱為「後港國民學校」；自茲拓寬校地，整頓環境，校容漸較美觀。

　　民國三十四年台灣光復，蘇枰棒先生榮膺光復後首任校長，蘇氏誠正勤樸，極孚眾望：任內對於興建校舍、建立制度、奠定誠樸校風，不遺餘力，厥公至偉。民國三十五年一月十七日，校名改稱為「七股鄉第二國民學校」，同年十二月十七日，再改稱現在校名－後港國民學校，三十六年全校遷入現址上課。

　　民國四十四年五月七日蘇校長當選縣議員，奉令改派陳溪泉先生接替光復後第二任校長，四十五年八月二十一曰校長陳溪泉榮調仁愛國民學校，改派林註生先生接任光復後第三任校長，四十八年八月一日篤加分校奉准獨立，四十九年八月一日，頂山分校亦告獨立，五十三年七月，奉令開辦學童營養午餐，五十七年八月一日，政府實施九年國民義務教育，奉令政制為「後港國民小學」，五十九年十二月三十日，校長林註生榮調佳里國民小學，由教導主任蘇本源代理校長，六十年九月一日，謝仙配校長接任光復後第四任校長，六十四年八月一日，謝仙配校長榮調三村國民小學，改派楊克忠先生接任光復後第五任校長，七十七年二月一日，校長楊克忠奉准退休，由教導主任黃秀珠代理校長，七十七年八月一日，許福田先生接任光復後第六任校長。民國八十五年十月一曰許福田校長榮調後營國民小學，改派盧緯緣女士接任光復後第七任校長。民國九十年八月一日，頂山國小因學生數不足，裁併入後港國小，成為後港國小頂山分校。民國九十二年八月一日，盧緯緣校長榮調後營國民小學，改派陳聖勁校長接任光復後第八任校長。民國一百年八月一日，陳聖勁校長榮調七股區龍山國民小學，改派黃文信校長接任第九任校長。民國一百零六年八月一日，黃文信校長榮調學甲區中洲國民小學，改派方婉真校長接任第十任校長。民國一百一十四年八月一日，方婉真校長榮調大內區大內國民小學，改派吳政諺校長接任第十一任校長。

　　回顧光復以來，首任蘇校長領導卓越，合作向上，良風早定，雖近年學校規模緊縮，但校風未稍變易，諸生好學，成績年有增進，膽望來茲，更應邁步向前，庶可發揚光大。